Bugünkü Vakıflı Köyü, Osmanlı Sultanı II. Mahmut (1808-1839) dönemine kadar yörenin büyük köylerinden Yoğunoluk’un bir mezrası; bu topraklar II. Mahmut tarafından Mihail adlı varlıklı bir Hıristiyan Arap’a vakfedilince bir yerleşim yeri oluyor ve “Vakıf” adını da bundan dolayı alıyor. 20. yüzyılın başlarında gerçek bir köy haline dönüşen Vakıflı bugün Samandağ’a (Süveydiye) bağlı. 1918 yılına kadar Osmanlı, 1918’den 1938’e kadar yirmi yıllık süre boyunca Fransız, 7 Eylül 1938 ile 29 Haziran 1939 tarihleri arasında da, yaklaşık on aylık bir süre de Hatay Cumhuriyeti’nin yönetiminde kalmıştır.

29 Haziran 1939’da, Türkiye Cumhuriyeti’ne katılma kararı alan Hatay’ın değişik bölgelerinde ve Musa Dağı eteklerindeki altı ayrı köyde yaşayan Ermeni Toplumu’na--Vakıflı (Vakıf); Kapısuyu (Kebusiye); Hıdırbey;Yoğunoluk; Eriklikuyu (Hacı Habipli): Teknepınar (önce Bityas sonra Batıayaz)--Türkiye’de kalma ya da göç edebilme serbestîsi tanınmıştır. Diğer köyler yoğun göç alırken Vakıflı Köylüler’i Türkiye’de kalmışlar.